Nadat het West-Romeinse rijk uiteenviel, had Zakynthos nog een succesvolle tijd onder de Byzantijnen. Nadat het Oosten van het rijk ook viel, werd het eiland in 1185 overgenomen door de Venetianen. Handelaren uit Venetië leefden lange tijd vredig samen met de oorspronkelijke inwoners van het eiland. De typische bouwstijl van het eiland, die nog op sommige plaatsen terug te vinden is, stamt ook uit deze periode van de geschiedenis. Het eiland was lang onder hun macht, wel drie eeuwen lang. De welvaart op het eiland bleef in deze tijd altijd groot. Later kwam het eiland nog een tijd in bezit van de Franken, tot deze later weer werden verdreven. Dit gebeurde nadat de Turken en Russen een verdrag hadden getekend, waarin de Ionische Staat werd uitgeroepen.
Vanaf 1809 kwam het eiland zelfs nog in handen van de Engelsen. De Engelsen stelden Maitland aan als gouverneur van Zakynthos. De bevolking had een hekel aan deze gouverneur, omdat hij zich opstelde als tiran. Hierdoor ontstond er een verzet tegen de Britten, waarvan nog steeds een gedenkteken staat in de stad Zakynthos. Toen Griekenland langzaam zijn vrijheid terugkreeg in de jaren hierna, werden de Ionische Eilanden onderdeel van Griekenland. Dit gebeurde in het jaar 1864. Hierna is het eiland nog korte tijd in handen geweest van de Duitsers en Italianen in de Tweede Wereldoorlog.
